菌肥，形象说来就是"菌+肥"，因为菌肥一方面含有"有机质、氮、磷、钾"等作物生长所必需的营养成分，另一方面菌肥还含有大量的有益微生物菌，有益微生物菌在土壤中繁殖，起到改良土壤、防治病害等功能。确切地说，生物肥料是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物生长发育需要的营养元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件。

（2）土壤的结构由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮素的固定等一系列土壤肥力形成和发育过程。
采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部营养则更为重要，因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
菌肥的作用：

1、生物激素刺激作物生长多孢菌菌肥中的微生物，无论在其发酵过程(可理解为微生物的自身繁殖过程)，还是在土壤内的生命活动过程中，均会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在植物根系接触后，会调节作物的新陈代谢刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。

2、以邪压正，减轻病害菌肥中在植物根系大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，这样就抑制和减少了病原的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效(可以形象理解为"以邪压正"了)。

3、刺激有机质释放营养丰富的有机质通过微生物活动后，可不断释放出植物生长所需要的营养元素，达到肥效持久的目的。

4、松土保肥、改善环境丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。